立式殼管式冷凝器分水器的放置應適當，水沿管道內壁應均勻分布，水量要充足。臥式殼管式冷凝器的冷凝水應下迸上出，運行時冷凝水不得中斷。應及時發現冷凝器的泄漏，以便及時檢修。
應每月檢查冷凝器的出水是否有氨，如水中有氨則遇酚酞會變紅。多臺冷凝器組合使用時，要確定冷凝器的工作臺數、所需冷凝水量及水泵運轉的臺數，應以壓縮機的負荷、冷凝水的溫度等參數為依據，達到制冷系統的經濟、合理和安全運行。
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